“闇之书事件”（参照魔法少女奈叶A's）的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人，怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的梦想实现而加入时空管理局，并以一流魔导师的身分活跃。在此...
由于管理局的响应迟缓，疾风努力组建了属于自己的机动六课，并得到了奈叶和菲特的强力加盟。但是在起初的一段时间，没有什么特别的任务，奈叶虽与他们在一队中，但总给人以孤独的感觉。疾风和菲特经常一起和管理局其他部门联系，而奈叶总是一人在默默地训练新兵；而且奈叶远离了自己生活的星球和家人朋友，而疾风虽有相似之处，但是他在之前生活的星球上本就无亲，进入管理局后又有守护骑士们以及原先的上级同事，而菲特有了自己的家族。可见奈叶是在什么样的环境下一直努力地工作下去，并为了他们的成长而承受了不少委屈和责任。在与圣王的对决中，她是包含了怎样的复杂的感情，在有强大的AMF环境下，进行着艰难的战斗。激战不失冷静，苦斗更显睿智。最终找到了问题的根源，更缓解了外部地面的危机。似乎在在前线的战斗中，没有人比她更为出色，即使从战后的论功行赏，也可以看出对她的肯定，不愧是王牌中的王牌。天下午不散的筵席，随着任务的完成，试运行的时限到期，六课终难免解散的命运，各位成员分到扬鞭。曾经合作过的伙伴各自去独挡一面，在新的部队里，他们将会是精英和先锋。也许在可以预见的将来，奈叶、菲特和疾风三位好友将会成为管理局的支柱，成为新的最高评议会的“三提督”。但离别总是让人伤感，JS事件发生的表明，不正肯定了需要存在这么一直王牌的军队，以应付突发且可能造成全局剧变的事件或阴谋。谁能保证下次不会发生这样的事件？次元航行部队不过是个龙套，要是没有六课的努力，它更是个悲剧龙套。虽说六课人员可以紧急抽调集合，但一直以来长时间培养出来的默契，怕不是短时间内可以恢复的。王牌军就此光荣地成为了历史，但愿不久以后在奈叶的训练下，有多个王牌军的兴起，烘托起比JS事件前更强大的管理局。
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